Sau gần 100 năm phát triển và sung túc, hiện nay, chợ nỗi Ngã Bảy đã được di dời, cư dân sông nước ngay ngã bảy đã di chuyển sang các chợ nổi khác như chợ nổi Ngã Năm (Sóc Trăng), hoặc ngược lên Trà Ôn (Vĩnh Long), thậm chí lên tận Cái Bè - Tiền Giang...

Nguyên nhân là nhằm làm thông thoáng giao thông thuỷ và tránh ô nhiễm môi trường do lượng rác thải trên sông quá lớn.

Mật độ giao thông khu vực Ngã Bảy quá cao chợ nổi Ngã Bảy phải di dời về Ba Ngàn trên sông Cái Côn, cách vị trí cũ hơn 3 cây số, nơi chỉ có một nhánh chính từ sông Kế Sách[3].Vì vậy, sự sầm uất và nét đẹp đặc trưng cũng giảm đi đáng kể. Hơn nữa tên chợ Ngã Bảy đã gắn liền với tên đoạn sông nơi họp chợ và đã trở thành thương hiệu du lịch nổi tiếng của vùng Đồng bằng Sông Cửu Long. Nhiều khách du lịch tỏ ra thất vọng với ngôi chợ mới, giới thương hồ và người dân cũng không mặn mà với chợ Ba Ngàn. Vì thế cuối năm 2006, chợ nổi Ngã Bảy đã được đưa về vị trí cũ. Hiện nay, Bộ Thương mại Việt Nam và chính quyền tỉnh Hậu Giang đang ra sức khôi phục lại chợ nổi đặc trưng này.Hiện tại, Ngã Bảy đang được quy hoạch, ưu đãi khuyến khích đầu tư để trở thành đô thị loại 3 đến năm 2015, là một trung tâm thương mại - du lịch thứ hai của tỉnh Hậu Giang sau thành phố Vị Thanh.